Egzersiz, kemiklerin ve eklemlerin hareket etmesine yardımcı olan sinovyal sıvı oluşumunu teşvik ederek ve kemiklerin daha kalın ve daha güçlü büyümesini sağlayan kemik yoğunluğunu artırarak iskelet sistemine yardımcı olur. Ayrıca, vücudun iskelet sistemi boyunca kan akışını engellemez hale getirir. Küçük miktarlarda egzersiz yapmak bile iskelet sistemi için çok faydalı olabilir ve artrit ve osteoporoz gibi sağlık sorunlarını önleyebilir.
İskelet sistemi kemikler, bağlar ve kıkırdak içerir. Bu yapılar farklı roller üstlense de, egzersiz herkes için kısa ve uzun vadeli faydalar sağlar. Ulusal Biyolojik Bilgi Merkezi'ne göre, egzersizin iskelet sistemine sağladığı faydalar egzersiz tipine, süreye ve yoğunluğa bağlı olarak değişir. Koşma, yürüme, yüzme ve tenis gibi aerobik egzersizler eklemlerin hareket etmesine yardımcı olmak için kayganlaştırıcı olarak görev yapan sinovyal sıvının üretimini uyarır. Sinovyal sıvı ayrıca eklemlerin nemli ve esnek kalmasına yardımcı olur. Bu da, kurumasını ve gözyaşlarına ve suşlara duyarlı olmalarını önler. Kuvvet antrenmanı ve koşma gibi ağırlık kaldırma faaliyetlerinde bulunmak, kemikleri doğal olarak zorlar. Çok fazla olmamak kaydıyla bu stres, yeni kemikler inşa eden ve mevcut kemikleri daha güçlü ve yoğun yapan osteoblastlar üretmek için kemikleri uyarır.
