Çöpleri çöplüklere gömmenin en büyük dezavantajı, çevredeki toprağı ve yeraltı suyunu toksinler ve sızıntı suyu ile kirletme potansiyelidir. Çöp ayrıştırıldığında, iklim değişikliğine katkıda bulunan metan ve diğer sera gazlarını serbest bırakır ayrıca insanlarda ve hayvanlarda sağlık sorunlarına neden olur.
Çöp normalde cıva, arsenik, kurşun ve PVC gibi çok miktarda toksik kimyasal içerir. Bu toksinler zamanla çöp sahasında biriktirilir ve eğer çevrilmezse çevreyi kirletebilir ve çevreye ciddi zarar verebilir. Potansiyel olarak büyük bir kirlilik kaynağı diğer bir kirlilik kaynağıdır;
Ayrışma sırasında ortaya çıkan çok miktarda karbondioksit, metan ve diğer zararlı sera gazları anlamına gelen çöp gazı, başka bir sorundur. Çevreye zarar vermenin yanı sıra metan inanılmaz derecede yanıcıdır ve depolama alanlarına yakın binalara sızan ve patlamalara yol açan durumlar olmuştur.
Bu sorunların tümü, atık depolama alanlarındaki çöplerin çoğunun ayrışmasının yüzlerce ila binlerce yıl sürmesi nedeniyle daha da kötüleşmektedir. Bu, tüm bu sorunların zaman içinde devam edebileceği ve hatta daha da kötüye gidebileceği anlamına gelir.