Bir atomun çekirdeği her zaman bir veya daha fazla pozitif net yüke sahiptir. Yalnızca çekirdekte bulunan protonların varlığı pozitif bir yüke neden olur.
Bütün atomlar çekirdeklerinde en az bir proton içerir. Negatif olarak yüklenen elektronlar, bir atomun çekirdeğini yörüngeye çevirerek, atomun sıfır net yükünü verir. Elektronlar atomlar arasında hareket eder, bileşikler oluşturur ve kimyasal reaksiyonlara neden olur; ancak, protonlar asla çekirdeklerinden hareket etmez. Bu nedenle, çekirdeklerinde aynı net yüke sahip atomlar aynı elementin atomlarıdır. Örneğin, bir hidrojen atomu bir proton içerir ve çekirdeğinde bir net yük oluşturur.
