Böbreğin işlevsel ve yapısal birimi nefrondur. Böbreğin temel işlevi su konsantrasyonunu ve sodyum ve diğer tuzlar gibi çözünen maddeleri düzenleyerek kanı filtrelemek olduğundan, nefron elektrolit seviyelerini düzenler ve kan pH'sini kontrol eder.
Nefron genellikle böbreğin temel birimi olarak adlandırılır. Nefronun diğer işlevleri kan basıncını kontrol etmek, kan hacmini normalleştirmek ve atıkları vücuttan atmaktır. Nefron olmadan insanlar ve hayvanlar doğumdan kısa bir süre sonra ölürler çünkü bir atık atma yöntemine sahip olmazlardı.
Her böbrekte, yüzlerce nefron vardır ve bunlar, Bowman’ın kapsülünden interstisyel sıvı yoluyla atık tortularını taşır. Burada, su tüketim seviyelerine ve tuzların konsantrasyonuna bağlı olarak idrar seyreltilir veya daha konsantre hale getirilir. Böbrekler, plazmanın çok asidik veya çok bazik olmasını önlemek için kan pH'sini düzenler.
Diğer bir fonksiyon ise, renin ve eritropoietin gibi hormonların üretilmesidir. Böbrek yeterli miktarda plazma üretir, ozmopolariteyi standart hale getirir ve potasyum, sodyum ve kalsiyum gibi anahtar iyonları düzenler. Böbreğin diğer kısımları böbrek sütunu, küçük kaliks, böbrek piramidi, böbrek kapsülü, korteks ve piramidin papillasıdır.