Sürüngen Veritabanına göre, yılanların çoğunda 36 çift kromozom vardır. Kromozomların yirmisi mikrokromozom olarak kabul edilirken, geri kalanına makrokromozom denir. Bununla birlikte, "yılanlar" terimi, 3,400'den fazla türe aittir ve birçoğunun karyotipi araştırılmamıştır, bu nedenle bazı varyasyonlar olabilir.
Timsahlar, kaplumbağalar ve bazı kertenkeleler gibi birçok sürüngenlerin aksine, yılanların cinsiyeti gelişen yumurtaları saran çevresel koşullar yerine, kromozomları tarafından belirlenir. Bununla birlikte, yılanlar, insanlar tarafından gösterilenden daha ters bir desen sergilerler. İnsan erkekleri, bir X ve bir Y kromozomuna sahip olan heterogametik cinsiyet iken, kadın yılanlar, heterogametik cinsiyettir ve bir Z ve W kromozomuna sahiptir.