Hücre çekirdeği komut merkezidir ve bu nedenle ökaryotik hücrenin faaliyetlerini kontrol eder. Çift duvarlı bir hücre nükleer zarf, çekirdeği sitoplazmadan ayırır ve kimyasal bileşiklerin geçmesine izin verirken şeklini kontrol eder ve çekirdekten hücredeki diğer aktiviteleri kontrol etmek için. Çekirdek, hücre büyümesini ve üremesini düzenleyen DNA'dan oluşan kromozomları içerir.
Çekirdek, yoğun bir RNA ve protein yapısı olan nükleolleri içerir. Bu yapının içinde ribozom sentezi için gerekli genlerle kromozom oluşturan organizatörler bulunur. Çekirdek ayrıca sitoplazmada protein sentezini düzenleyen, haberci RNA kullanarak, nükleer zarftaki gözenekler vasıtasıyla sitoplazmaya gider. Bir kez orada, haberci RNA ribozomlar kullanılarak çevrilir ve protein üretiminde protein RNA aktarılır. Çekirdek, bazı büyük moleküllerin sitoplazmadan girmesini önlemek için zarın gözeneklerinden izin verilen molekülleri düzenler.
Hayvanlarda, çekirdek en büyük hücre organelisidir. İnsan hücrelerinin çapı, ortalama 11 ila 22 mikrometre arasında değişen ve hücre hacminin yaklaşık yüzde 10'unu kaplayan bir çekirdeğe sahiptir. Bir elektron mikroskobu kullanarak gözlemlemek ve incelemek için yeterince büyük. Bilim adamları, çekirdekte meydana gelen mutasyonların, vücudun bu hastalıklara verdiği yanıtın yanı sıra, hastalıkları geliştirmek için de bir anahtar olduğuna inanıyor.