Bazal ganglionlar, istemsiz motor kontrolü ve bazı bilişsel fonksiyonlar dahil olmak üzere beyindeki birçok fonksiyonda rol oynar. Bununla birlikte, alanın Parkinson Hastalığı ve Huntington Hastalığı da dahil olmak üzere hastalıkta bir rol oynadığı tespit edilmiştir. Bu hastalıkların her ikisi de beynin motor kontrol alanlarını etkiler.
Bazal gangliyonların vücudun hareketlerine verdiği yardımın yanı sıra, bilişsel süreçlerde de bir faktör vardır. Alan, sadece bazal ganglionlar boyunca değil, ayrıca prefrontal birleşme korteksi ve limbik korteks içinden geçen bir dizi yola sahiptir. Araştırmalar, bu ilmeklerin ve bağlantıların beyinde birtakım bilişsel, duygusal ve yürütücü işlevlerin seçilmesinde veya sağlanmasında rol oynadığını göstermektedir.
Beynin talamus yakınındaki ön beyin tabanında bulunan bu bölge, insan beynindeki hafıza fonksiyonunda da önemli bir rol oynar. Beynin bu bölümünün bozukluğu olan kişilerin, ezber ve olasılık görevleriyle ilgili sorunları vardır. Bazal gangliyonların beyin korteksine, talamus ve beyin sapına bağlı olması nedeniyle, bölgenin vücutta birçok şey öğrenilmekte olan sayısız işlevde rol oynadığı görülmüştür.
