Kodonları başlatmak ve durdurmak önemlidir, çünkü hücre makinelerine çevrimi nerede başlatacağını ve sonlandıracağını, protein üretme işlemini söylediklerini belirtirler. bu noktadan sonraki her üçlünün belirli bir amino asidi kodladığını gösterir.
Başlat ve durdur kodonları hem hücrenin çekirdeğindeki orijinal DNA şeridinde hem de protein şablonu olarak görev yapan haberci RNA şeridinde bulunur. DNA zinciri üzerindeki spesifik bir gene karşılık gelen mRNA, kodonların sırasına bir rehber olarak DNA'nın antisens zinciri kullanılarak çekirdek içerisinde sentezlenir. Bu mRNA zinciri daha sonra protein düzeneğinin gerçekleştiği hücre çekirdeğindeki bir ribozoma gider.
Çoğu organizmada, tek başlangıç kodonu, DNA bazları adenin, guanin ve timinden oluşan bir üçlü olan ATG'dir. ATG ayrıca bir genin ortasında bulunduğunda amino asit metiyoninini de kodlar. MRNA şablonunda, ATG, AUG ile değiştirilir, çünkü baz urasil, RNA'da her zaman timinin yerine belirir.
Durdurma kodonları üç farklı şekilde gelir: TGA, TAG ve TAA. RNA'da, bu üç kodon UGA, UAG ve UAA olarak görünür. Start kodonundan farklı olarak, stop kodonlarının hiçbiri bir amino asit kodlamaz.
