1757'deki keşiflerinden bu yana, amiplerin neredeyse tüm akla gelebilecek habitatlarda yaşadığı görülmüştür. Tatlı su, tuzlu su, nehir, dere ve akarsularda endemiktirler. Bazı amipler sabah çiğ olarak bulunurken, diğerleri paraziterdir ve diğer organizmaların vücutlarında yaşar.
Ayakta durdurulan su kütlelerinde yaşadıkları yerlerde, amipler dibe yakın çamur içinde veya yakınında toplanma eğilimindedir. Islak çökeltilere olan bu afinite, nemli toprakta gelişen karasal amiplere taşınır. Çevresi kuruduğunda veya düşmanca olduğunda, birçok amip türü bir kist oluşturarak ve şartlar iyileşene kadar kış uykusuna yayarak tepki verir.
