Yumuşakçalar gezegendeki en çeşitli hayvan gruplarından biri olduğundan, neredeyse dünyadaki her habitatta yaşarlar. Bununla birlikte, çoğu tropikal ve ılıman bölgeler arasındaki deniz ortamlarında bulunur.
Deniz yumuşakçaları genellikle mercan resifleri, kayalık kıyılar veya kumlu plajlarda yaşar. Bazı türler, okyanusun en derin kısımlarında, cehennem bölgesi olarak da bilinir. Ayrıca volkanik deliklerin üzerinde veya yakınında yaşarlar. Bazı mikroskobik yumuşakça türleri, kum taneleri arasında bile yaşayabilir. Karasal yumuşakçaların örnekleri arasında sümüklü böcek ve salyangoz sayılabilir. Bu türün tatlı su ortamlarında da yaşadığı bilinmektedir.
