Doğal jel elektroforezi, proteinlerin denatüre edilmeden veya SDS adı verilen bir kimyasal madde veya sodyum dodesil sülfat ile işlemden geçirilmeden jel üzerinde ayrılma yöntemidir. analiz edilen proteinlerin katlanmış kalmasını ve yüklerini muhafaza etmesini sağlar.
Her iki jel elektroforezi de aynı temel prensibi kullanarak çalışır. Protein örnekleri bir poliakrilamid jelin üstüne yüklenir. Bir elektrik akımı jelden geçirilir ve proteinler jelden geçer. Denatüre edici jellerde proteinler, güçlü bir negatif yük veren SDS ile kaplanır. Sonuç olarak, denatüre proteinler, esasen moleküler ağırlıklarına bağlı olarak jelden geçer.
Doğal jel elektroforezinde, proteinler hala katlanır, bu nedenle proteinin şekli jelin içinden ne kadar hızlı geçtiğini etkiler. Proteinler ayrıca doğal elektrik yüklerini korurlar ve bu nedenle farklı yükler, proteinin doğal jelden nasıl geçtiğini etkiler.
Doğal jel elektroforezi, diğer bileşiklere bağlanma, toplanma ve konformasyonun incelenmesi için kullanılır. Denatüre edici protein yapısını ve onun sahip olabileceği herhangi bir bağlanma afinitesini kaybetmesine neden olduğu için bu tekniklerin çoğu için doğal jeller gereklidir. Doğal jel elektroforezinin son faydası, jeli çalıştırdıktan sonra proteinleri çıkarmanın mümkün olmasıdır.
