Yapay olarak seçilen türlerin en belirgin dezavantajı, hastalıklara karşı çok hassas olmalarıdır. Bazı özellikler için yetiştirildiği için, türlerin içindeki değişimler büyük ölçüde azalır ve bu da hem biyotik hem de abiyotik faktörler de dahil olmak üzere ortamdaki değişikliklere karşı çok hassas olmalarına neden olur.
Yapay seçilimin, katileştirilmiş arılar olarak da bilinen Afrika bal arıları gibi öngörülemeyen sonuçları da olabilir. Arıların daha fazla bal üretmesi için yetiştirilirken, saldırganlığın artmasına neden olan özellikler de yanlışlıkla aktarılmıştır. Bu, arılar giderek daha savunmacı hale geldiğinden birçok insanın ölümüyle sonuçlandı.
Yapay seçilim için bir başka terim olan seçici ıslahın, bazı ırkların sözde saflığını korumak için köpeklerin beslenmesinde de görüldüğü gibi türün kendisi üzerinde zararlı bir etkisi olabilir. Bazı köpek ırkları, kalça displazisi ve daha kısa bir ömür gibi görünüşte birçok doğal komplikasyonlara sahiptir.
Muz gibi diğer durumlarda suni seleksiyon steriliteye çok duyarlı hibritler üretmiştir. Bu, türlerin vahşi doğada üremedikleri anlamına gelir, tek bir hastalık bütün türleri etkili bir şekilde yok edebildiğinden, nesli tükenme tehlikesine yol açar.
