Sürüngenler önemlidir, çünkü gıda ağında hayati bir rol doldururlar, tozlayıcılar ve zararlı böcekleri kontrol ederler. .
Amerikan timsahları önemli bir türdür, çünkü Everglades'teki kurak mevsimde mevcut olan tek suyu içeren, yaşadıkları alanlarda “gator delikleri” kazarlar. Bu küçük su lekeleri, diğer su canlıları için bir sığınak ve bitkiler, kuşlar ve hayvanlar için bir su kaynağıdır. Yakından ilgili bir sürüngen olan timsah, yaşam alanı açısından oldukça etkili olduğu için kilit taş türü olarak kabul edilir.
Birçok farklı ekosistemin besin ağları için kritik olmasının yanı sıra, sürüngenler diğer birçok önemli rolü de yerine getirebilir. Örneğin, bazı sürüngenler tozlayıcı olarak işlev görür. Mavi kuyruklu gün kertenkelesi Mauritius'ta bulunan nadir bir bitki türünü tozlaştırır. Tek tozlayıcı olarak, kertenkelenin bitkinin hayatta kalabilmesi için esastır. Sürüngenler ayrıca, haşere türlerini ve kemirgenleri de kontrol altında tutar ve bu da haşerelerin bitkileri yok edebildiği tarım topluluklarına yarar sağlar.
Sürüngenler ekosistemin olumlu bir parçası olmasına rağmen, hayatta kalma süreleri insanlar, habitat kaybı ve iklim değişikliği ile tehdit edilmektedir. Genellikle sürüngenler, çevreye tanıtılan ve ele geçirilen istilacı türler tarafından tehlikeye atılır.