Stegosaurus'un biri kafasında diğeri kuyruğuna veya arka ucuna doğru iki beyni olabileceği yönündeki popüler bir teori olmasına rağmen, bu fikir büyük ölçüde paleontolojide itibarsızlaştırıldı. Bazı paleontologlar, hala bu teoriye bağlı kalın ve doğru olabileceği yollar bulmaya çalışın, ancak genel olarak bu kabul edilmiş bir fikir değil.
Bilim adamları, Stegosaurus'un, iki beyin mitinin kökü olabilecek boyutuna göre nispeten küçük bir beyne sahip olması gerektiğini dile getirdiler. Bununla birlikte, bu dinozorun arka yarısını kontrol etmek için ayrı bir beyne sahip olduğu fikrini destekleyen hiçbir kanıt yoktur.