Nefes alma, refleksler ve vücudun diğer istemsiz işlevleri temel olarak beyin sapı tarafından yönetilir. Bu, beyni ve omuriliği bağlayan beynin başının arkasında bulunan beynin bölgesidir. Beyin sapı, vücudun farklı fonksiyonlarını kontrol eden birkaç alt yapıya sahiptir.
İnsanlarda, beyin sapı medulla oblongata, pons ve orta beyin şeklinde bölünmüştür. Medulla oblongota, omurganın üst kısmının yanında bulunan beyin sapının en alt kısmıdır. Nefes almayı ve tansiyon gibi diğer temel fonksiyonları kontrol eder. Refleksler orta beyin tarafından kontrol edilir ve bu, ağrı reseptörlerinin bulunduğu alanda faaliyete neden olur.