Mikrodalga iletiminin en büyük dezavantajı, mikrodalga kulelerin yalnızca binalar, tepeler veya ağaçlar gibi engeller olmadan aralarında net bir görüş hattı varsa, veri alışverişinde bulunmalarıdır. Diğer dezavantajlar Atmosfer tarafından sinyal absorpsiyonunu, hava girişimlerini ve masraflarını içerir.
Mikrodalga sinyalleri genellikle bir vericiden alıcıya düz bir çizgide ilerler. Sinyaller, bir su kütlesini geçtiklerinde olduğu gibi, farklı yoğunluktaki hava bölgeleri içinden geçerse, sinyaller hafifçe bükülür. Alıcıya ulaşmak yerine, bazı sinyaller atmosfere absorbe edilir ve kayıp sinyaller iletim kalitesini etkiler. Mikrodalga sinyalleri şiddetli yağmur, dolu ve kardan da etkilenebilir. Özellikle yağmur damlaları ve dolu taşlar, yüksek frekanslı bir mikrodalga fırının dalga boyları ile aynı boyuttadır. Bir fırtına mikrodalga iletişimini engelleyerek yağmur solması denilen bir problem yaratabilir. Mikrodalga iletiminin diğer bir dezavantajı, inşa edilmesi pahalı olan kulelerin maliyetidir.
Mikrodalga iletiminin bir avantajı, kabloları veya diğer fiziksel telleri kullanmak yerine, küçük dalga boylarına sahip elektromanyetik dalgalar kullanmasıdır. Dalga boylarının boyutu, bir vericinin mikrodalgaları dar bir ışın içindeki bir alıcıya yönlendirmesini ve böylece verimliliği artırmasını sağlar. Ayrıca, mikrodalgaların yüksek frekansı, bir mikrodalga ışınının çok büyük bir bilgi taşıma kapasitesine sahip olduğu anlamına gelir.
