Mikrobiyolojik kirleticiler bakteri, küf, mantar ve virüs gibi bulaşıcı maddelerdir. Genellikle yiyecek ve suda bulunan bu kirletici maddeler ciddi hastalıklara neden olabilir.
En yaygın mikrobiyolojik kirleticilerden biri Escherichia coli bakterileri veya E. coli'dir. Bazı E. coli çeşitleri vücutta doğal olarak bulunur, ancak E. coli O157: H7 olarak bilinen tür şiddetli kusma, ishal ve karın kramplarına neden olur. E. coli O157: H7'den kaynaklanan enfeksiyonlar, kirli yiyecek ya da su tüketmekten meydana gelir. Mikrobiyolojik enfeksiyonlar derhal antibiyotik veya antiviral ilaçlar ile tedavi edilmelidir. Bunu yapmamak, böbrek yetmezliği ve karaciğer hasarı gibi hayati tehlike oluşturan durumlara neden olabilir.