Konfederasyon ordusunun en ünlü lideri, 1 Haziran 1862'de Kuzey Virginia Konfederasyon Ordusunu komuta etmeye başlayan Robert Edward Lee idi. Yakında 29 Mart 1865 tarihinde Birlik General Ulysses S. Grant'e teslim oldu.
Stonewall Jackson olarak bilinen General Thomas Jonathan Jackson, Birinci Boğa Koşusu Savaşı, Antietam, Fredericksburg ve Harpers Ferry sırasında kazanılan zaferden sorumluydu. 2 Mayıs 1863'te Chancellorsville Savaşı sırasında öldü. Daha sonra Ku Klux Klan'ı kuran Samuel Cooper, Joseph E. Johnston ve Nathan Bedford Forrest de Konfederasyon ordusunun lideriydi.
