Konfederasyon ordusunun komutanı General Robert E. idi. Lee. Lee, başlangıçta Başkan Lincoln tarafından Birlik Ordusunun komutasına önerildi, ancak teklifini reddetti, çünkü arkadaşlarına Virginians'lılarla mücadele etmek istemedi.
General Robert E. Lee ömür boyu bir subaydı. West Point'teki Amerika Birleşik Devletleri Askeri Akademisine katıldı ve sınıfında ikinci oldu. Başkan Lincoln’ün Birlik Ordusuna önderlik etme teklifini reddetmesinin ardından, Lee, Virginia’nın ABD’den ayrılmasıyla yeni kurulan Konfederasyon Ordusuna katıldı. Birkaç kez Kuzey'i istila etmeye çalıştı ama sonuçta başarısız oldu. 1865 yılında Lee, İç Savaşı sonlandırmak için Appomattox Adliye Sarayı'ndaki General Ulysses S. Grant'e teslim oldu.
