Kömürün birincil dezavantajları, olumsuz sağlık ve çevresel etkilerinden kaynaklanmaktadır. Yanan kömür, karbondioksit, azot oksitler, sülfürik asitler ve arsenik dahil olmak üzere zararlı atıklar üretir. Kömür yakıtlı elektrik santralleri, Amerika Birleşik Devletleri'nde her yıl yaklaşık 24.000 erken ölümden ve yalnızca akciğer kanserinden 2,800 ölümden sorumludur.
2014 yılı itibariyle, Avrupa'da kömür üreten elektrikten yıllık sağlık maliyetleri 55 milyar doları aşıyor. Kömür yakıtlı elektrik santralleri su yollarını kirleterek suyu tüketime uygun hale getirmez. Dünyada binlerce kömür yangını yanıyor. Bu yangınların tespit edilmesi zordur ve yeraltında söndürüldüğü için sık sık yüzey yangınlarına yol açmaz. Kömür daha az zararlı olması için temizlenebilir veya sıvı gaza dönüştürülebilir, ancak bunu başarabilen teknoloji tam olarak gelişmemiştir.
