Klonlamanın dezavantajları, kalıtsal hastalık riskinin artması, gen varyasyon eksikliği, etik ve bununla ilişkili dini dogma sayılabilir. Klonlama terimi, biyolojik bir varlığın genetik olarak özdeş kopyalarının üretilmesinde kullanılan birkaç işlemi belirtir.
Kalıtsal hastalık riskinin artması, tüm klonların aynı genleri paylaşmasından ve böylece belirli bir hastalık tipine duyarlı olmasından kaynaklanmaktadır. Bu, bir hastalığın bütün popülasyonu yok etmesine neden olabilir. Diğer bir dezavantaj, gen varyasyonunun eksikliğidir. Doğal üreme, eşsiz bireylerle sonuçlanan farklı genlerin bir kombinasyonunu sağlar.
Klonlama tartışması tüm alanlarda görüşlere sahip oldu. Örneğin dini çember arasında tartışmalı bir konu olarak kalmaktadır. Çoğu hükümet, seçmenlerin tepki gösterme korkusundan dolayı klonlamayı tamamen benimseme konusunda kararlı değildi.
