Muscle Milk'in yan etkileri arasında kilo alımı, şişkinlik, gaz, ishal ve kabızlık sayılabilir ve yüksek dozlar vitamin ve ağır metal toksisitesine yol açabilir. Aşırı alımdan kaynaklanan kilo alımı, bu ilave kaloriler dengelenmezse gerçekleşir. Muscle Milk ayrıca, şişkinliğe ve gaza neden olabilen bir tatlandırıcı olan kristal fruktoz ve kişiye bağlı olarak ishal veya kabızlık da içerir.
Muscle Milk, ağır metal kadmiyum, arsenik, cıva ve kurşun seviyelerine sahiptir ve Tüketici Raporlarına göre, seviyeler, piyasadaki herhangi bir protein tozundan en yüksek seviyelerdir. Zehirli Maddeler ve Hastalıklar Dairesi Ajansı, en tehlikeli üç zehirli atık madde olarak arsenik, kurşun ve cıva içermektedir. Metal toksisitesi organ yetmezliğine ve beyin hasarına neden olabilir. Vücudun böbrek hasarına neden olan kadmiyumu elimine etmesi 20 yıla kadar sürer.
Vitamin Dergisi, Muscle Milk'in ayrıca ilave vitaminler içerdiğini açıklar, bu nedenle önerilen miktardan daha fazla tüketmek vitamin toksisitesine neden olabilir. A ve D Vitaminleri özellikle endişe vericidir çünkü yağda çözünebilirler, yani vücudun fazla miktarda su almaması veya emmemesi anlamına gelir. Bu türden toksisite baş ağrısı, bulantı ve kusmaya neden olur.