Kaplumbağalar, ciğerlere oksijen alarak ve nefes alırken karbondioksiti serbest bırakarak nefes alırlar. Su kaplumbağaları, ciğerlerinde oksijeni diğer hayvanlardan daha uzun süre boyunca tutar ve koşmadan saatlerce tamamen suya batmalarını sağlar hava dışında.
Bazı kaplumbağalar nefes almak için anal boşluklarını da kullanabilirler. Bu kaplumbağalar suyu, keselerin suyu topladığı ve oksijeni filtrelediği anal boşluklara çekerler. Bu, kaplumbağanın hiç hava için yüzeyde kalmadan batık kalmasını sağlar. Bu solunum yöntemi, kaplumbağayı avcılardan korumak için ya da kaplumbağanın yüzeye çıkmaması durumunda bir yedek solunum şekli görevi görmesi için geliştirilmiş olabilir.
