John Hancock'un ölümünün nedeni bilinmiyor. Ancak, gut olduğu ve sağlığının ölümünden birkaç yıl önce azaldığı biliniyor. 1793 yılında 56 yaşındayken hala Massachusetts valisi iken evinde öldü.
John Hancock, sömürgelerin örgütlenmesinde ve Amerika Birleşik Devletleri'nin kurulmasında kritik bir rol oynamasına rağmen, imzasıyla ünlüdür. Bağımsızlık Bildirgesi'nin bir kopyasını incelerken John Hancock'un imzasını kaçırmak zor. Kolayca belgedeki en okunaklı ve tanınabilir olanıdır. İmza sırasında Hancock, Kıta Kongresi'nin başkanıydı. Bu nedenle, belgeyi ilk imzalayan oydu. Efsaneye göre Hancock ismini çok cesurca imzaladı, çünkü İngiltere Kralı'nın ismini gözlüksüz okuyabildiğinden emin olmak istedi. Bu gün için, bir belgeye "John Hancock'unuzu koyma" talebi, birinden imzalamasını istemek için bir yoldur. Her ne kadar Hancock, yeni kurulan ABD'yi yönetecek yetkilileri seçme zamanı geldiğinde başkanlık arzusunda olsa da, ilk başkanlık seçiminde George Washington tarafından yenildi.
