Japon balıklarının siyaha dönmesinin en yaygın nedenleri genetik ve renkli yiyeceklerin yutulmasıdır. Karanlık ortamlar ayrıca akvaryum balıklarının pigmentte bir değişikliğe neden olan ek melanin üretmesine neden olur. Hastalık nadir değildir, ancak bazı durumlarda hastalıklı akvaryum balığı kararır.
Japon balıklarında doğal renk değişimi endişe kaynağı değildir. Evcil hayvan dükkanlarında yaygın olarak bulunan düşük maliyetli akvaryum balığı, renk genleri sıkça karıştığı ve şecere belirsiz olduğundan renk değiştirmeye eğilimlidir. Akvaryum balığı sahiplerinin yaptıkları ortak bir hata, kara akvaryum balıklarının hastalıklı olduğunu ve antibiyotik tedavisi gördüğüdür. Hastalık olası bir neden olsa da, renk değişiminin tamamen doğal birçok nedeni vardır ve antibiyotikler iyiden daha fazla zarar verebilir.
Amonyak, akvaryum balıklarındaki atıkların yanı sıra akvaryumdaki yiyeceklerin çürümesiyle oluşur. Başlangıçta akvaryum balığı derisinin yanmasına neden olur, ancak yanıklar görünmez. Balık tankı temizlenip sterilize edildikten sonra amonyak seviyesi düştüğünde, akvaryum balıklarının derileri iyileşmeye başlar ve iyileşen yamalar kararır.
Siyah nokta hastalığına salyangozlarda bulunan bir parazit neden olur. Balık tankında salyangoz bulunduğunda, hastalığı balıkların üzerine geçirebilirler. Kara leke hastalığının belirtileri arasında kara kist oluşumları ve akvaryum balığı derisindeki koyu lekeler bulunur.