Petrol sızıntıları, PCB ve diğer kirletici maddelerin biyolojik birikimi, gürültü kirliliği, gemilerle çarpışma, olta takımlarında dolaşma, balıkçılar tarafından yapılan çekimler ve balina gözlemcileri tarafından yapılan habitat rahatsızlıkları gibi birçok tehdit nedeniyle tehlike altındaki balinalar tehlike altındadır. Ek olarak, deniz memelileri ve bazı balık türleri gibi av popülasyonlarının tükenmesi ekosistemini etkiler.
Katil balinalara yönelik tehditler arasında akvaryum sergilerinde kullanım ve ticari avlanma yer almaktadır. Birkaç katil balina, 2014 itibariyle ticari değerleri için avlanmasına rağmen, onları rakip olarak gören ticari balıkçılar tarafından vurulmaya devam ediyor. Exxon Valdez petrolünün 1989'da dökülmesinden bu yana, petrol dökülmeleri ve diğer kirletici sızıntıları katil balinalara ciddi tehditler olarak kabul edildi. Katil balinaları etkileyen gürültü rahatsızlıkları arasında CAT taramalarının beyinleri ve kulakları çevresinde kanamaya neden olduğu ve aynı zamanda delme, nakliye ve somon tarlalarından gelen seslerde kanamaya neden olduğu kanıtlanmış Deniz yüksek yoğunluklu sonar bulunmaktadır.
2013 yılında, Uluslararası Doğa ve Doğal Kaynakların Korunması Birliği Tehdit Edilen Türlerin Kırmızı Listesi, katil balinaların taksonomik birimini verileri eksik olarak listelemiştir. Önceden, katil balinalar tek bir tür olarak kabul edilmekle birlikte araştırmacılar, bazıları 2014'ten beri tehlike altındaki birçok katil balina türü olabileceğini öne sürüyorlar. daha küçük gruplar ve geniş alanlarda değişir. Örneğin güneyde yaşayan katil balinalar, ABD ve Kanada’nın kıyı sularında yaşayan üç büyük kapsülün bir grubunu 2005 yılında Tehlike Altındaki Türler Yasası altında nesli tükenmekte olan bir tür ilan etti ve Ulusal Okyanus ve Atmosfer İdaresi menzilini ilan etti 2006’da korumaya tabi tutulan kritik bir yaşam alanı.
