İmparator penguen, balık, krill ve kalamar ile beslenen besin zincirinin tepesine yakındır. Sadece büyük deniz memelileri, köpekbalıkları da dahil olmak üzere imparator penguenine beslenirler.
İmparator penguen su için çevik ve güçlüdür, her iki nitelik de onu iyi bir avcı yapar. Diğer kuşlardan daha derine dalabilen büyük bir dalgıçtır; İmparator penguen dalışı kayıtları 1.750 metreye kadar çıktı. İmparator penguen normalde suyun altındaki bir zamanda yaklaşık beş dakika veya daha az harcar ve sadece yüzlerce yüzün altına dalar. Bu penguen avı için dalış yaparken hızlı yüzebilir.
