Güneş lekeleri Dünya üzerinde hiçbir şekilde önemli bir etkiye sahip değildir. Güneş güneş lekeleriyle kaplıysa, Dünya'ya daha az ışık girmesine neden olabilir, ancak herhangi bir olumsuz etkiye sahip olması için yeterli olmayabilir veya fark edilmek bile. Bununla birlikte, güneş çıkıntıları, güneş fişekleri ve koronal kütle enjeksiyonları gibi güneş lekeleri ile ilişkili manyetik anomaliler, Dünya üzerindeki enerji santrallerini veya Dünya üzerindeki yörüngede uyduyu etkileyebilecek enerji parçacıklarını çıkarabilir.
Güneş lekeleri, Güneş'in manyetik alanının Güneş yüzeyinin altından yükseldiği ve belirli manyetik bölgelerin geçtiği aktif manyetik bölgelerdir. Güneş lekeleri güneşin geri kalanından daha karanlıktır çünkü sıcaklıkları düşüktür ve çevreleyen alanlardan daha az enerji harcarlar.