Çoğu doktor günde bir ila iki porsiyon soya sütü önermez. Soya sütü, preslenmiş soya fasulyesinden yapılan bir süt sütü yerine geçer. Soya sütü, soya peyniri ve diğer bütün fermente soya ürünleri en iyi soya proteini kaynaklarıdır.
Tiroid ve gastrointestinal bozukluğu olan hastalar, doktor onayı olmadan soya tüketmemelidir. Araştırmalar, soyanın, gastrointestinal sistemin bazı ilaçları emme kabiliyetine müdahale edebileceğini göstermiştir. Yüksek miktarda soya tüketimi östrojenin aşırı üretilmesine de neden olabilir. Aşırı östrojen seviyeleri, Ulusal Çevre Sağlığı Bilimleri Enstitüsü tarafından meme kanseri ile ilişkilendirilmiştir.