Gübre, kimyasallar ekleyerek ve ekosistem işlevlerini engelleyerek su ekosistemleri üzerinde zararlı etkileri olan kirletici maddeler söz konusu olduğunda listenin başında gelir. Kısa sürede önemli miktarda zarar görürler. Gübreler, su ekosistemlerini nokta kaynaklı ve nokta kaynaklı olmayan kirlilik kaynakları olarak etkileyebilir, ancak girişe bakılmaksızın etkileri derindir.
Gübreler öncelikle su ortamlarına kimyasal olarak, özellikle azot ve fosfor formunda girerler. Bununla birlikte, aynı zamanda drenaj yoluyla bu ortamlara yıkanan ve büyük miktarda fosfor biriktiren çim kupürleri ve tırmıklanmış yapraklar yoluyla göllere, akıntılara ve diğer su ekosistemlerine girebilirler.
