Esnek bir sistoskopi sırasında, erkekler sistoskopu üretra ve mesaneye yerleştirdiğinde rahatsızlık hissedebilir ve doktor biyopsi alırsa küçük bir kısma hissi hissedebilir, WebMD'yi belirtir. iki gün, hastalar idrar yaparken ağrı üretebilir ve yanma hissi yaşayabilir.
2015 yılı itibariyle yapılan çalışmalar, sistoskopun üretradan geçtiğinde esnek sistoskopi sırasında en fazla acı yaşadığını, 1 ila 10 arasında ortalama 2.82'lik bir ağrı skoru kaydettiğini göstermektedir. işlem sırasındaki diğer zamanlarda, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ni not eder. Sistoskopi doktorun ofisinde gerçekleştiğinde, prosedürü video ekranında görebilen hastalar, işlemi göremeyen hastalardan yaklaşık yüzde 40 daha az ağrı yaşarlar.