Endoskopinin yan etkileri Mayo Clinic tarafından belirtildiği gibi kramp, şişkinlik, artmış gaz ve boğaz ağrısı olabilir. İşlem sırasında bir kişi boğazda basınç hissedebilir. Ayrıca, kişi konuşamıyor, ancak ses çıkarabiliyor.
Ayrıca bir üst endoskopi olarak da adlandırılan işlem WebMD'ye göre, mide ekşimesi, üst karın bölgesindeki ağrı, bulantı, kusma, yutma problemleri ve mide kanaması nedenlerini araştırmak için yapılır. Benzer şekilde, doktorlar ülserleri, tümörleri ve üst sindirim sisteminin iltihabını incelemek için de yapabilirler. Endoskop adı verilen ince bir boru şeklindeki cihaz ağız yoluyla boğazın içine sokulur. Ucu bir kamera ve tarama amaçlı bir ışığa sahiptir.
Doktorlar, yemek borusu, mide ve duodenumu içeren sindirim sisteminin üst organlarını WebMD tarafından açıklandığı şekilde incelemek için bir endoskopi yapar. Doktorlar, işlemin büyümeleri tespit etmede ve sindirim sistemini incelemede X ışınlarından ve diğer görüntüleme testlerinden daha etkili olduğuna inanıyor.
Bir hastaya, doktora işlem yapmadan önce, mevcut ilaçlar ve yaşadığı tıbbi sorunlar hakkında WebMD'yi bildirmesi gerekir. İşlem sırasında, hasta hastane masasının arkasında ya da yanındadır. Daha sonra, Mayo Clinic'e göre, doktor ağızda anestezi uygular, böylelikle boğaz endoskopun içinden geçerken uyuşuk olur. İşlem yaklaşık yarım saat sürer ve sonrasında kişi taburcu edilir.