Hayvan grupları arasındaki ilişkileri inceleyen biyologlar taksonomist olarak bilinir ve ellerinde organizmaların tam filogenisini belirlemek için ellerinde çok çeşitli araçlar bulunur. Bunların arasında, Brüt Anatomi, Protein Benzerliği ve Doğrudan Gen Dizini, Yeniden Keşfedilen Biyoloji ile ilişkilidir.
Organizmaları sınıflandırma yöntemlerinden biri klasik taksonominin şafağına dayanır ve canlıların fiziksel özellikleri arasında kaba bir anatomik karşılaştırma içerir. Bu nedenle, aralarındaki benzerlikler türler arasında muhtemel akrabalık olan kaba bir ağacın içine çizilebilir. Yeniden Keşfetme Biyolojisine göre, bu yöntem ilk olarak 18. yüzyılda Charles Linn tarafından geliştirilen klasik sistemle iyi çalışır.
Daha modern bir yöntem ve canlılar arasındaki gerçek evrimsel ilişkileri hesaba katan bir yöntem, alaycılık olarak bilinir. Bu yöntem, organizmaların tarihini ve ilişkilerini tanımlamak için yararlı olabilecek gerçek bir yaşam ağacı geliştirmeyi amaçlamaktadır. Bu sistem genellikle klasik taksonomide olduğu gibi brüt anatomi analizinin yanı sıra, proteinleri karşılaştırmak için organizmanın moleküler düzeyde incelenmesine de dayanır. Yeniden Keşfedilen Biyolojiye göre, kladistler bazen, gerçek miraslarına ilişkin ipuçları için organizmaların nükleotit sekanslarının doğrudan, noktadan bir karşılaştırmasına başvuruyor.
