Fagositoz, bir beyaz kan hücresinin bir bakteri gibi bir mikroorganizmayı içine aldığı ve tahrip ettiği işlemin adıdır. Fagositoz yapan beyaz kan hücreleri topluca fagositler olarak bilinir ve bunlar arasında: makrofajlar, nötrofiller ve dendritik hücreler.
Bir fagosit vücutta bir bakteri ile karşılaştığında, bağışıklık hücresi önce istilacı organizmayı kuşatmak ve yakalamak için çıkıntılar gönderir. Beyaz kan hücresi bakteri etrafında bir vezikül oluşturur ve hücreye çeker. Lizozimlerle doldurulmuş küçük veziküller, yakalanan bakteriyi tutan vezikül ile birleşir ve lizozimler parçalanır ve mikroorganizmayı tahrip eder. Artık bakteriyel partiküllerin çoğu hücre tarafından tüketilir, ancak bazı fagositler, diğer immün hücrelerin fagositin hangi bakteriyel istilacılarla karşılaştığını öğrenebilmeleri için sinyal olarak hizmet etmek üzere hücre yüzeyine bakteri antijenleri gönderir. İstilacı bir mikroorganizmayı içine çekip tüketirken, fagositler ayrıca genel bağışıklık tepkisini koordine etmek için sinyal moleküllerini salgılarlar.
Beyaz kan hücrelerinin tümü fagositoz yapmaz. Bazı sprey bakterileri önce kimyasalları yok etmek yerine doğrudan istilacı organizmaların üzerine kimyasalları yok eder. Diğerleri, bölgeye diğer bağışıklık hücrelerini çeken, iltihaplanmaya neden olan bileşikleri serbest bırakır. B hücreleri başlangıçta patojenleri tanımlamak için fagositoz yapar, ancak istilacı tanımlandıktan sonra, B hücreleri bunun yerine antikorlar oluşturmak ve salmak için kayar.