Beyin, kafatasında bilinen kafadaki kemikli plakalarla korunur. Üç tabakalı bir zar olan menenjlerle de korunmaktadır.
İnsan kafatasında 22 kemik var. Sekiz kemik beyni kaplar ve kafatasını oluşturur. Bunlar kafatasının arkasında bulunan oksipital kemik ve kafatasının tabanında bulunan sfenoiddir. Kafatasının üstünde ve yanında iki parietal kemik var. Alın kemiğinde alın kemiği, burun kısmında da etmoid kemiği bulunur. Kafatasının diğer kemikleri yüz kemikleridir. Bir yetişkinde, kemikler sert olarak birleşir, sütür denilen zikzaklı eklemler. Bebeklerde bu yerler hala açık ve yumuşaktır.
Meninksler dura mater, pia mater ve araknoid olarak bölünmüştür. Dura mater, membranların en zorudur ve kafatasının hemen altında yer alır. İki beyin hemisferini birbirinden ve beyincikten ayırır. Araknoid dura maddenin hemen altında yer alır ve ondan beyin omurilik sıvısı ile ayrılır. Pia mater beyindeki kıvrımları ve depresyonları takip eder. Beyin korteksine kan götüren kan damarlarını içerir.
