En popüler Pokémon karakterlerinden bazıları Pikachu, Mewtwo, Squirtle, Charmander ve Bulbasaur'dur. Bu Pokémon, taraftarlar arasında en üst sırada yer alır ve hepsi franchise’ın filmlerinde ve TV şovlarında bulunur.
Serideki en ikonik karakter olan Pikachu, amiral gemisi Pokémon ve franchise’ın orijinal maskotu. Minik elektrikli kemirgen Pokémon'un kendisinden ayrılamaz ve seri hakkında bilgisi olmayanlar tarafından bile tanınması muhtemel tek karakterlerden biridir. Sert hayranları aşırı doygunluğunu takdir etmeyebilirken, Pikachu’nun popülerliğini inkar etmek yok.
Serideki "Kırmızı" ve "Mavi" enkarnasyonlardaki en nadir ve en güçlü Pokémon olan Metwo’nun popülaritesi, franchise’in başlangıcından itibaren güvence altına alındı. Güçlü bir psişik Pokémon, Mewtwo, sadece oyunun geri kalanını tamamladıktan sonra erişilebilen bir alan olan Bilinmeyen Zindanda gizlidir. Mewtwo’nun ünü, ilk Pokémon filmi ve Nintendo’nun popüler dövüş oyunu “Super Smash Bros”
da dahil olmak üzere diğer medyalarda yer aldı.Oyuncular Pokémon'un orijinal versiyonunu üç temel Pokémon'dan birini seçerek başlatır: Bulbasaur, Squirtle veya Charmander. Serinin üç ana element türünden birini (çimen, su veya ateş) temsil eden orijinal “başlangıç” Pokemon, oyundaki en güçlü yaratıklardan bazılarına dönüşüyor. Orijinal Pokémon TV dizisindeki öyküleri, kullanışlılıkları ve öne çıkan görünümleri Bulbasaur, Squirtle ve Charmander'ı etrafındaki en popüler Pokémon'dan üç kişi yapıyor.
