Asit yağmuru tarafından etkilenen su kütleleri, Orta Çağ ve Orta Batı Bölgesi'nin dağlık bölgeleri olan Adirondacks ve Catskill Dağları'nı çevreleyen dereleri ve gölleri içerir. Çevre Koruma Ajansı tarafından yapılan bir anket, 10 dönümden daha büyük olan 1000 tatlı su kütlesinin yüzde 75'inden fazlasının asitlendiğini göstermektedir.
Bu durum, özellikle toprak tamponlama kapasitesinin zayıf olduğu alanlarda çok korkunçtur, çünkü asit yağmuru sürekli olarak düştüğünde toprak asiditesinin yükselmesine neden olur. Franklin’deki Little Echo Pond, N.Y., 4.2’de pH’ı kaydeden en iyi örnek. Düşük toprak tamponlama kapasitesine sahip bölgelerden akan akarsu, toprak asitliğini emerek kendi asitliğini kazanır. Diğer akarsu asidite kaynakları, sel ve kar erimesinden kaynaklanan asitli akışları içerir.
Asit yağmuru, balık yumurtası ve yavru balıkların ortadan kaldırılması nedeniyle balık popülasyonunun azalması da dahil olmak üzere ekolojik sorunlara neden olur. Asit yağmuru, orman biyomlarının ekolojik dengelerini bozan ağaç büyümesini engeller. Alüminyum gibi metallerin iyonlarının ekosisteme salınım oranı asidik bir ortamda hızlandırılır. Bu metal iyonları zehirli olup, balık ve su hayvanlarına büyük zararlar verir. Asit yağmuru nedeniyle bitki ve hayvan yaşamının tahrip olması, tehlike altındaki ekosistem biyolojik çeşitliliğinin kendine has komplikasyonlara neden olduğu kaskad etkisiyle sonuçlanır.
