Asit yağmuru, göllerin, akarsuların, sulak alanların ve diğer su manzaralarının asitlendirilmesi de dahil olmak üzere birçok ekolojik etkiye neden olur. Asit yağmuru ayrıca binaların çürümesini hızlandırır, yüksek kotlardaki ağaçları tahrip eder ve ormana zarar verir topraklar.
Yağışın kendisinden gelen sülfürik ve nitrik aside ek olarak asit yağmuru, alüminyumu bir su havzasındaki topraklarla etkileşmesinden su sistemlerine de bırakır. Asit yağmuru bir havzadaki topraklardan akarken, alüminyum bırakır. Yakındaki kıyı şeridinde ve toprakta akarken, alüminyum toprağa emilir. Asit yağmuru ve alüminyum akışı, suları balık, istiridye ve kerevit dahil olmak üzere birçok suda yaşayan organizma için toksik hale getirir.
Asit yağmuru aynı zamanda daha yüksek seviyelerde ağaçlara ve ormanlara ciddi zararlar verir, çünkü hayati besinlerin toprağı çıkarır ve ağaçların suyu emmesini engelleyen alüminyum çıkarır. Asit yağmuru, ağaçların ve bitkilerin hastalıklara, böceklere ve soğuk sıcaklıklara dayanma kabiliyetini azaltır ve ayrıca ağaçlarda üremeyi de etkileyebilir.
Asit yağmuru, yüksek seviyelerde sülfürik ve nitrik asitle yağış anlamına gelir. Volkanik püskürmeler ve çürüyen bitki örtüsü gibi doğal süreçlerden oluşur, ancak daha sık fosil yakıtların yanmasından kaynaklanır. Asit yağmuru etkilerini azaltmanın tek yolu fosil yakıtların ve buna neden olan diğer kirleticilerin salınımını sınırlandırmaktır.