Afrika fili iskeletinde 326 ila 351 kemik vardır. Toplam 61 omur vardır ve kemikleri incedir ve kolayca kırılır.
Afrika fili 21 kaburgaya sahiptir ve omurları sıkı derzler ile bir arada tutulur. Kafatası, kafa kırmalarına dayanacak kadar sert, ayrıca dişlerini kullanarak elde edebileceği kaldıraç oranına sahip. Kafatası ayrıca genel kuvveti korumak için kafatasını aydınlatan hava boşlukları içerir. Kemikler, filin vücut ağırlığının yüzde 12 ila 15'ini oluşturur. Uzuvlarındaki kemikler süngerimsidir ve kemik iliği boşluğu yoktur. Afrika fili boynu, çift omurgası nedeniyle neredeyse yataydır. Bu büyük dişlerinin ağırlığını taşımaya yardımcı olur.
