3-heksen için yapısal formül CH3-CH2-CH = CH-CH2-CH3'tür. Bir 3-heksen, C6H12'nin birçok anayasal izomerinden biridir ve molekül ağırlığı 84.16 gramdır mol başına.
Bir 3-heksen, üçüncü ve dördüncü karbonlar arasında bir çift bağ içeren altı karbonlu bir zincirdir. Çift bağ, bir cis-çift bağ veya bir trans-çift bağ olabilir. Bağlı karbonların her ikisi de çift bağın aynı tarafındaysa, bir cis-çift bağdır ve (3Z) -3-heksen olarak yazılabilir. Takılan karbonlar çift bağın karşıt taraflarında ise, bir trans-çift bağdır ve (3E) -3-heksen olarak yazılabilir.
