Yağmur ormanlarının kuşları, sürüngenleri, amfibileri ve memelileri çoğu tehlike altında. Bunlar, Orta Afrika şempanzeleri gibi bilinen hayvanları ve Avustralya'nın fil kurbağası gibi nispeten bilinmeyen hayvanları içerir. Tropikal yağmur ormanları, diğer karasal yaşam alanlarından daha fazla türe ev sahipliği yapar.
Nesli tükenmekte olan yağmur ormanları kuşları arasında sümbül ve Lear’ın Güney Amerika’daki Amerika papağanı ve sarı tepeli kakadu bulunur. Habitat tahribatı bu kuşların birçoğu için ciddi bir sorundur, ancak bazıları, özellikle sümbül papağanı da, evcil hayvan ticareti için toplanmaları nedeniyle nüfusun azalmasına neden olmuştur.
Dünya çapında amfibi popülasyonları birkaç yıldır azalmaktadır. Hem altın zehirli ok kurbağası hem de altın mantilla, yağmur ormanlarının tabanındaki nesli tükenmekte olan amfibilerdir. Amfibi düşüşünün nedenleri her durumda açık değildir ve habitat tahribatı, mantarlar, iklim değişikliği ve koleksiyonun birleşmesinden kaynaklanabilir.
Javan gergedanları ve Sumatra kaplanı gibi memelilerin neslinin tükenme riski vardır. Her ikisi de iddia edilen tıbbi özellikleri için avlanır, ancak giderek daha fazla parçalanmış habitatlarla da karşılaşırlar. Yeleli üç parmaklı dilek ve cüce üç parmaklı dilek, tropikal yağmur ormanları yaşam alanlarından kaybolan diğer iki hayvandır.
