Suaygırları tehlikededir, çünkü kaçak avcılar etleri ve dişlerindeki fildişi için onları avlarlar. Diğer tehditler, insan yerleşimlerinin yerleşmesi ve nehir suyunun tarım için yönlendirilmesinden kaynaklanan habitat kaybıdır.
Hippo eti karaborsada incelik olarak satılmaktadır. Suaygırı fildişi ticareti, 1989'da fil fildişi ticaretinin uluslararası yasaklanmasından sonra keskin bir şekilde artmıştır. Su aygırı popülasyonlarının büyük çoğunluğu milli parklar, koruma alanları, av hayvanları ve kutsal alanların olduğu korunan alanlarda yaşarken, avcılar suaygırlarının avlandığı bölgelerde huzursuzluk veya kanun yaptırımı asgaridir. Örneğin, 1970'lerde, Frankfurt Zooloji Topluluğu, Kongo Demokratik Cumhuriyeti'ndeki Virunga Ulusal Parkı'ndaki suaygırı nüfusunun yaklaşık 30.000 olduğunu tahmin ediyordu. 1998'den 2003'e kadar süren İkinci Kongo Savaşı sırasında, Kongolu askerler, Mai-Mai isyancıları ve diğer milis grupları dikkat çekmeden suaygırlarını katlettiler, böylece 2006'da parkta yaklaşık 600 kişi kaldı.
Suaygırlarının yaşadığı tatlı su alanlarının yakınında artan insan yerleşimleri ve gelişimi, suaygırları doğası gereği aşırı agresif olan hayvanlar olduğu için suaygırları ve insanlar arasındaki çatışmalara yol açar. İnsanlar daha sonra su aygırı popülasyonlarını ayırarak misilleme yapar. Nehirlerin ve sulak alanların seviyeleri tarım alanlarının sulanmasından dolayı düştüğünde, bu durum su aygırı habitatlarını olumsuz yönde etkiler. Bu sorun kuraklık zamanlarında daha da kötüleşir.
