Somatik rekombinasyon, tek bir lokus içerisinde germline genetik elementlerinin veya immünoglobin geninin rekombinasyonu yoluyla immünoglobin genlerinin oluşumunu içeren süreci ifade eder. bu da B hücreleri için kemik iliği ve T hücreleri için Thymus'tur. Somatik rekombinasyon, antijen temasından önce gelir ve kemik iliğinde B hücresi gelişimi sırasında meydana gelir.
Memelilerde, immünoglobin gen segmentleri değişken (V), çeşitlilik (D), birleştirme (J) ve sabit (C) ekson grupları halinde düzenlenir. Omurgalı lenfositlerinde, somatik rekombinasyon neredeyse Değişken, Farklı ve Birleşen gen segmentlerini rastgele birleştirir. Farklı genlerin rastgele seçimleri, bakterilerin, parazitlerin, virüslerin, işlevsiz hücrelerin ve polenlerin antijenlerini eşleştiren çeşitli proteinlerin kodlanmasıyla sonuçlanır.
Bir DH ve bir JH, araya giren bütün DNA'ların (D-J birleştirme) çıkarılmasıyla rasgele eklenir. Bunu, VH segmentinin yeniden düzenlenmiş DJH segmentine rasgele eklemesi izler. VDJH ve CH arasındaki araya giren diziler, birincil mRNA'ya kopyalanır. Çekirdekte, primer mRNA'nın eklenmesi, sitoplazmada taşındığında H zincirine çevrilmiş olgun bir mesaj üretir. H zinciri için İnsan DNA'sının yaklaşık 50 fonksiyonel VH parçası, 30 DH parçası ve altı JH parçası vardır. Ağır zincir değişken bölgesinin ilk iki CDR'si ve üç FR'si VH tarafından kodlanır.
Birçok farklı VJL ve VDJH kombinasyonunun rastgele oluşumu, birleşik çeşitlilik oluşturur. Öte yandan, gen segmentlerinin kesin olmayan bir şekilde birleştirilmesi ve DNA sekansı ekleme bölgelerine nükleotitlerin eklenmesi, birleşimsel çeşitliliğe yol açar.
