Shiba Inu köpekleri hipoalerjenik değildir. Hipoalerjenik köpeklerin normalin altında bir oranda alerjen üretmesi amaçlanmıştır. Bununla birlikte, araştırmalar bu tür köpek ırklarının bulunmayabileceğini göstermektedir.
Hiçbir köpüğün tamamen hipoalerjenik olduğu bilinmemektedir. Bununla birlikte, bazı köpeklere daha az alerjen olduğu veya alerjisi olan kişilerle daha uyumlu olduğu, çünkü alerjiye neden olan maddeleri çekmeyen kürkleri olduğu söylenir. Alerjen düzeyleri köpekten köpeğe değişmekle birlikte, bu farklılık köpeğin cinsine bağlı değildir.
Shiba Inu köpekleri düz, sert bir üst ve yumuşak, kalın bir tabana sahip çift katlıdır. Yüzlerindeki, kulaklarındaki ve bacaklarındaki saçlar kısa ve pürüzsüzdür.
