Johto bölgesine "Pok? mon Leaf Green" ile gitmek mümkün değildir. Ancak, Johto bölgesini yendikten sonra çok çeşitli Pokemonları Johto bölgesinden yakalamak mümkündür. Elite Four Sevii Adaları denilen birkaç adaya giderek.
İlk Sevii Adası'na oyuncu Cinnabar Adası'nın spor salonu lideri Blaine'yi mağlup ettikten sonra ulaşılabilir. Oyuncu Elite Four'u mağlup ettikten sonra, her Sevii Adası'na erişebilecek. Johto bölgesinden gelen pokemon, Sevii Adaları'nda ve Johto bölgesinden üç efsanevi köpek pokemonundan biri bulunabilir. Pokémon köpeği ya Suicune, Entei veya Raikou olacak. Oyun, oyuncunun oyun başında seçtiği Pokemon'a göre avantajı olan köpeği seçer.
Oyuncu, Elite Four'u mağlup ettikten sonra Sevii Adaları'ndaki Johto Pok? mon'ı yakalamaktan çok daha fazlasını yapabilir. Ayrıca Mt. Siber ve safir'i Team Rocket'in silahlarından kurtarın ya da yakutu Team Rocket deposundan alın. Cerulean Mağarası'nın girişi de kaldırılmıştır, böylece oyuncu oraya gidip efsanevi Pokémon Mewtwo'yu yakalayabilecektir.
