Yalnızca Pokémon Black’de, Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plus, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus, Gotadri, Gothe, Reshiram. Sadece Pokémon White'da Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus ve Zekrom'u yakalamak mümkündür. Bazı estetik değişiklikler ve farklı olan belirli savaşlar da var.
Gizemli "N" karakteriyle savaşmak için oyuncuya katılan Efsanevi Pokémon, oyuncunun sahip olduğu oyuna bağlıdır. Pokémon White oynarken, oyuncu Zekrom adlı siyah Electric ve Dragon tipi Pokémon'u alır. Pokémon Black oynarken, oyuncu beyaz Ateş ve Ejderha tipi Pokémon Reshiram'ı alır.
Bir oyuncunun karşılaştığı Efsanevi Hava Trio Pokémon, oyunun hangi versiyonunu oynadığına da bağlı. Pokémon Black ile oynayan oyuncular Thundurus ile karşılaşırken Pokémon White ile oynayan oyuncular Tornadus ile karşılaşıyor. Bu Pokémon'un her ikisinin de Landorus'a erişim kazanması gerekiyor, bu nedenle oyuncunun oyun sürümlerinde işlem yapabilmesi için işlem yapması gerekiyor.
Her versiyonun belirli özel Pokémon'a sahip olmasının yanı sıra, Opelucid City ile Mistralton City arasında estetik farklılıklar var. Drayden, Opéucid'in Pokémon Black'deki spor lideridir ancak Pokémon White'da Iris'tir.
Serebii, Pokémon Black'de Black City adlı bir sanayi bölgesinin olduğunu açıklar; fakat Pokémon White'da yerini White Forest (Beyaz Orman) adı verilen bir alanla değiştirir. Pokémon Black'de şehirler daha gelişmiş ve fütüristik görünüyor. Binalarda neon ışıklar, otomatik kapılar ve seralar var. Pokémon White'da şehirler daha kırsal ve geleneksel. Binalar yosunlu taş yollara, ahırlara ve bahçelere sahiptir.
Bulbapedia'ya göre, her iki oyunda da kalp kırıcı Charles adlı bir karakter var. Pokémon Black'de oyuncuya rotasyon savaşı için meydan okuyor; Pokémon White'da oyuncuyu üçlü bir savaşa davet ediyor.
