WebMD'ye göre, bakteriyel vajinozu tedavi etmek için penisilin genellikle reçete edilmez. Klindamisin, metronidazol ve tinidazol gibi antibiyotikler bakteriyel vajinoza neden olan bakterileri yok eder.
Bakteriyel vajinozu tedavi etmek için kullanılan bazı antibiyotikler ağızdan alınabilir veya vajinaya krem, jel veya fitil olarak sokulabilir. WebMD'ye göre vajinal ilaçlar avantajlıdır çünkü oral ilaçlardan daha az sistemik yan etkiye neden olurlar. Özellikle preterm doğum riski yüksek olan hamile kadınların vajinal tedaviyi önlemeleri tavsiye edilir. Bakteriyel vajinoz, tedaviden sonra sıklıkla geri gelir, bu nedenle doktorlar nüksü önlemek için ilaçları daha uzun süre reçete eder.