İki terim arasındaki ayrım temel olarak organik bileşiklerin karbon içerdiği, neredeyse tüm inorganik bileşiklerin bulunmadığıdır. Bununla birlikte, karbon dioksit gibi hala karbon içeren bazı inorganik bileşikler vardır. Hemen hemen tüm organik bileşikler karbon-hidrojen bağları içerir ve bazı bilim adamları bu gereksinimin organik bileşiklerin tanımına dahil edilmesini önermişlerdir.
Sciences360, bu ayrımın resmi bir bilimsel sınıflandırma olmadığını, karbon bazlı bileşiklerin faydalı bir sınıflandırmasını açıklıyor. Canlıların parçalarını oluşturan moleküller, proteinler, yağlar, şekerler ve enzimler gibi yaşam yapı taşları, organik moleküller olarak kabul edilir. Bu karmaşık organik bileşikler karbona dayanır, çünkü elementler arasında atom başına dört farklı kovalent bağ oluşturma ve esas olarak süresiz olarak diğer karbon atomlarıyla bağlanma özelliğine sahiptir. Bu özellik yapısında neredeyse sınırsız çeşitlilikte bileşikler oluşturmasını sağlar.
Diğer bir ayrım, organik bileşiklerle karşılaştırıldığında inorganik moleküllerin, bileşimlerinde genellikle çok daha basit olmalarıdır. Örneğin sofra tuzu, bir sodyum ve bir klor atomundan oluşan inorganik bir bileşikken, en karmaşık organik moleküllerden biri, binlerce atom uzunluğundaki bir bileşik olan insan DNA'sıdır.