Midye ve istiridye temel olarak habitat ve anatomi açısından farklılık gösterir. Hem midye hem istiridye çift kabuklu olarak sınıflandırılır ve yenilebilir kabuklu deniz hayvanı kategorisine girer. Midye tatlı su ve tuzlu su habitatlarında toplanırken, istiridye göl, gölet ve akarsular gibi tatlı su kütlelerinde bulunur.
Fiziksel olarak, midye ve istiridye farklı vücut şekillerine ve yapılarına sahiptir. Midye daha uzun ve daha dar ve daha uzun ve daha sert kabukları vardır. Istiridye gövdeleri ve kabukları, aksine, genellikle dairesel veya oval şeklinde ve midye kabukları doğrusal ve keskin iken yumuşak, yuvarlak kenarlara sahiptir. İstiridye kabukları, istiridye elemanlarından biraz koruma sağlayarak, dış giyim katmanları olarak işlev görürken, midye kabukları, çeşitli pratik amaçlara hizmet eder. Bu kabuklar, duvarlarında hücre ve dokular için kalıcılık sağlayan besinler ve mineraller içerir. İstiridye kabukları bir katı katmana sahipken, midye kabukları birbirine bağlı üç katmandan oluşur. En içteki kabuk tabakası yanardöner tabaka olarak adlandırılır, bunu prizmatik tabaka ve son olarak da periostrakum izler. Midyelerin daha karmaşık dış kabukları olmasına rağmen, istiridye böbrekleri, kalpleri ve ağızları ile tamamlanan anatomik yapılara ve midelere göre daha karmaşık dolaşım ve solunum sistemine sahiptir.
