Metodist ve Presbiteryen inançları arasındaki iki temel fark, Metodistlerin Calvinist önyargı doktrinini reddetmelerine rağmen, Presbiteryenler bunu kabul eder ve Metodist kilisesinin geleneksel piskoposluk çizgileri boyunca örgütlendiğini, Presbiteryenler ise kendilerine özgü benzersiz liderlik sistemine sahiptir yaşlılar (veya "hazırlayıcılar"). Aksi takdirde, bu iki Hristiyan mezhepleri aynı niteliklerin çoğunu paylaşır.
Kalvinist önyargı doktrininin kabul edilmesi veya reddedilmesi temel ve geniş kapsamlı bir farktır. Kısacası, John Calvin'in doktrini yalnızca belirli insanların kurtuluşa mahkum edildiğini, geri kalanının da lanetlenmeye mahkum olduğunu (veya "Tanrı tarafından" adandığını ") savunuyor.
Diğer bir deyişle, diğer tüm büyük Hıristiyan mezheplerin aksine, Presbiteryenler, Tanrı'nın insanları kurtuluş davetine yanıt vermek için aktif olarak seçtiklerini düşünüyor.
Presbiteryenliğin organizasyonu bir diğer önemli farktır. Yaşlılar, meslekten olmayan otorite pozisyonlarına seçilir ve düzenlenir. Rolleri daha sonra yönetim organının bir parçası olarak topluluklarının çıkarlarına veya “oturumuna” hizmet etmektir. Kilise meselelerini tartışmak için bir dizi oturum bir araya geldiğinde, bunlara “presbitery” denir. Toplu olarak, çoklu ön ayarlara "sinod" denir. Genel olarak mezhep ile ilgili konuları tartışmak için bir araya geldiklerinde, synodlar Presbiteryen “Genel Kurul” unu oluşturur.